När besättningen på rymdskeppet Covenant är på väg till en avlägsen planet i den bortre delen av galaxen, upptäcker de att vad de tidigare trott varit ett outforskat paradis i själva verket är en mörk och farlig värld. De tvingas fly från ett hot mer skrämmande än de någonsin kunnat föreställa sig.

Genom banbrytande teknik som låser upp Callum Lynchs genetiska minnen han får uppleva hans förfader Aguilars äventyr i 1300-talets Spanien. Callum upptäcker att han härstammar från ett mystiskt och hemligt sällskap, Assassinerna, och erhåller kunskap och förmågor för att ta sig an den grymma och kraftfulla Tempelherreorden i nutid.